Мрежата Натура 2000 в България ще се управлява с териториални планове. Това предвиждат промени в Закона за биологичното разнообразие, предложени от Министерството на околната среда и водите (МОСВ) и публикувани за обществена консултация. Плановете ще бъдат разработвани от директорите на регионалните екоинспекции (РИОСВ).
В мотивите се отбелязва, че през 2017 г. бе разработен нов подход за управление на Натура 2000. Той предвижда нови национални и регионални структури:
- Национален орган за управление на мрежата Натура 2000;
- Национален консултативен съвет към екоминистъра; - Органи за управление на регионално ниво – директорите на РИОСВ; - Комитети на заинтересованите страни към регионалните органи.Според министерството консервационните цели трябва да бъдат съвместени с целите за устойчивото развитие на териториите. Забрани, ограничения, мерки или препоръки за постигане на целите на защитената зона ще бъдат включвани само по необходимост и по преценка на министъра. С промяната, задължението за включване на забрани се заменя с възможност за забрани и ограничения по изключение, се казва в мотивите.
Екоминистърът ще разработи Национална рамка за действие за Натура 2000, която трябва да бъде одобрена от Министерския съвет.
При грешки и наличие на нови научни данни, установени след обявяване на защитената зона, статутът й може да бъде подложен на преоценка.
Екоминистърът ще бъде определен като национален орган за управление на мрежата Натура 2000 със съответните правомощия.
Лицата и организациите, които набират и анализират първични данни за местообитанията и видовете, задължително ще ги предават на МОСВ.
Натура 2000 обхваща около една трета от територията на страната.