Полети без заявки и без заповед на премиера (Бойко Борисов) откри проверката на Сметната палата за дейността на Авиоотряд 28 в периода 1 август 2009 – 28 февруари 2013 година. Одитът е съобразно годишната програма на институцията. Паралелно е извършена и проверка на финансовото управление на Министерския съвет (в периода 2011 – февруари 2013 година).
Полетите на Авиоотряда, извършени по заявка на физически и юридически лица, са били незаконосъобразни, тъй като липсва свидетелство за авиационен оператор, лиценз за въздушен превозвач, съгласно Закона за гражданското въздухоплаване и правна възможност в Устройствения правилник на отряда.
Приходите от полети на физически и юридически лица са отчетени неправилно и не е начислен данък върху приходите по Закона за корпоративното подоходно облагане.
От Сметната палата са анализирали различни полети, сред които за нуждите на футболни клубове (ЦСКА, Левски, Литекс и Локомотив – София), които са участвали в европейски турнири. Полетите са заплатени и са приложени фактури.
Самолети и хеликоптери на Авиоотряд 28 са използвани още за оказване на спешна помощ на български граждани в чужбина, за нуждите на Червения кръст и по искане на Българската православна църква, както и на Българския футболен съюз и за нуждите на частни фирми (пр. Костенец Ризорт и Ню Бояна Вибурно, които снимаха филмовата продукция „Непобедимите”). Макар и заплатени, за част от полетите не се съхранява списък на пътниците. Авиоотряд 28 е бил използван и по заявка на партия ГЕРБ, като и от други държавни предприятия (Българския енергиен холдинг) за присъствие на различни европейски и световни форуми.
Хеликоптери на отряда са използвани за филмови продукции, сериала на БНТ „Под прикритие” и за разпръсване на детски топки за празника на децата в София (по искане на Лайънс Клуб София – Диамант). Хеликоптери е използвало и адвокатското дружество „Батков и Сие”.
От Сметната палата препоръчват да се регламентира редът, по който се разрешават полетите на Авиоотряд 28, както и за съставянето на досиетата и тяхното съхранение. Трябва да има и длъжностно лице, което да носи отговорност за съхранението на документите.
Що се отнася до дейността на Министерския съвет одитирите откриха пропуски по отношение на отдаване под наем на имоти, които се управляват от администрацията на Министерския съвет. Приходите от наем не са събирани ефективно, а дори има два апартамента, които са отдавани под наем без договор, показа проверката.
Ръководството на администрацията не е извършвало ефективен контрол и върху разходите, извършени за стационарни телефони, стойностите на които изискват възлагане на обществена поръчка по Закона за обществените поръчки.
След проверката одиторите препоръчват да се направи анализ на приходите от наеми на имуществото и те да бъдат адекватно планирани по бюджета на институцията. Заради установени пропуски при отчитане на командировките, трябва да се въведат контролни механизми, които да осигуряват спазването на определения срок за отчитане на отпуските.
Трябва да има и обществена поръчка за предоставяне на телекомуникационни услуги по стационарните телефони, както и да се проверят договорите за отдаване под наем на ведомствени жилища, допълват още от Сметната палата в своя доклад.