Обвиненията срещу него са за длъжностно престъпление, неправомерно отпускане на кредити и упражняване на банкова дейност без необходимите разрешителни.
Наказателната отговорност от него се търси за времето, когато е бил председател на управителния съвет на Кредитно спестовна кооперация "Пеков-Популярна банка".
Първоначално граждански искове срещу него подадоха 140 души, а по-късно броят им се увеличи. Според обвинението, Пеков е получил неправомерни доходи в размер на 5 680 132 неденоминирани лева.
Делото срещу банкера започна в края на 2003 г. То бе отлагано повече от 10 пъти най-често заради болнични листи. Присъдата може да бъде обжалвана в 15-дневен срок пред Апелативния съд.